Từ thế kỷ XIII, nhiều bộ lạc du mục từ miền Bắc châu Phi, trong đó có người Suana, đã đến sinh sống ở vùng đất ngày nay thuộc Botswana. Cuối thế kỷ XIX, sự thù địch xảy ra giữa người Shona sống tại Botswana và các bộ lạc Ndebele di cư tới lãnh thổ này từ Sa mạc Kalahari. Căng thẳng cũng tăng lên với người định cư Boer từ Transvaal. Sau những lời kêu gọi trợ giúp của các lãnh đạo Batswana Khama III, Bathoen và Sebele, Ngày 31 tháng 3 năm 1885 chính phủ Anh đặt "Bechuanaland" dưới quyền bảo hộ của nước này. Lãnh thổ phía bắc tiếp tục nằm dưới quyền cai trị trực tiếp với tư cách là Quốc gia bảo hộ Bechuanaland và trở thành Botswana hiện nay, trong khi lãnh thổ phía nam trở thành một phần của Thuộc địa Cape và hiện là một phần của tỉnh phía tây bắc Nam Phi, với đa số người nói tiếng Setswana hiện sống tại Nam Phi.

Khi Liên minh Nam Phi được thành lập năm 1910, những thuộc địa chính của Anh Quốc trong vùng: Quốc gia bảo hộ Bechuanaland, Basutoland (hiện là Lesotho), và Swaziland ("Các Lãnh thổ Cao Uỷ") không thuộc vào đó, mà được dự định để sáp nhập với nhau sau này. Tuy nhiên, việc sáp nhập sẽ do nhân dân tại vùng đó quyết định, và dù các chính phủ sau này của Nam Phi không ngừng tìm cách đòi Anh Quốc chuyển giao chúng, Anh vẫn giữ các lãnh thổ này và cuối cùng việc chuyển giao đã không xảy ra. Cuộc bầu cử chính phủ Quốc gia năm 1948, dẫn tới việc thiết lập chế độ apartheid, và Nam Phi rút khỏi Khối thịnh vượng chung năm 1961, chấm dứt bất kỳ tham vọng sáp nhập vùng đất này vào Nam Phi.

Việc Anh Quốc mở rộng quyền lực trung ương và khuynh hướng chính phủ bộ lạc dẫn tới việc thành lập hai hội đồng tư vấn đại diện Người Phi và Người Âu vào năm 1920. Các tuyên bố năm 1934 quy định quyền của bộ lạc. Một hội đồng tư vấn Âu-Phi được thành lập năm 1951, và hiến pháp năm 1961 thành lập một hội đồng tư vấn lập pháp.

Tháng 6, 1964, Anh Quốc chấp nhận những đề xuất về một chính phủ dân chủ tự quản tại Botswana. Vị trí trụ sở chính phủ được chuyển từ Mafikeng ở Nam Phi tới Gaborone năm 1965. Hiến pháp năm 1965 dẫn tới những cuộc tổng tuyển cử đầu tiên và nền độc lập ngày 30 tháng 9 năm 1966. Seretse Khama, một lãnh đạo của phong trào độc lập và là người thích hợp nhất cho vị trí lãnh đạo Ngwato, được bầu làm tổng thống đầu tiên, ông tái cử thêm hai lần nữa và chết khi đang tại chức năm 1980. Quyền lực tổng thống được chuyển sang phó tổng thống, Ketumile Masire, ông chính thức trúng cử năm 1984 và tái nhiệm năm 1989 và 1994. Masire nghỉ hưu năm 1998. Chức vụ tổng thống lại được giao cho phó tổng thống, Festus Mogae, ông này chính thức trúng cử năm 1999 và tái trúng cử năm 2004.